一、提供各种营养成分

水稻在生长发育过程中，不仅需要必需的氮、磷、钾、钙、硫等大中量元素，还需要不可或缺的铁、锰、铜、锌等微量元素。这些营养成分都可以从农家肥中获得，例如在稻田施用猪栏肥等厩肥，除具备大量元素养分外，还含有10ppm的锌，这正是水稻生长发育所需要的。缺少它，水稻容易出现赤枯病。如果只在稻田单一施用化肥，稻田中的其他营养元素会被大量消耗，而得不到有效补充，会造成某些营养元素的严重缺乏，产量不高，还会诱发多种生理性病害。

二、改善土壤结构

稻田长期单一施用化肥，会使稻田腐殖质含量逐年下降，土壤团粒结构受到破坏，通气透水性变差，从而导致土壤板结，蓄水保肥能力下降。因此，有专家指出，如果在稻田忽视使用农家肥，单一施用化肥，是一种掠夺式的经营方式，虽短期可获得高产，但不能培肥地力，难以年年获得高产。据测定，每亩水田施有机肥2000千克和100千克硅酸钙后，100克干土中盐基交换总量可由19.8耄摩尔质量上升到21.4耄摩尔质量，总碳量由1.11%上升到1.62%，总氮量由0.1%上升到0.13%，其他钙、镁、钾等元素的含量均有上升。增加土壤中有效养分的含量，改善土壤结构，提高土壤肥力，主要得益于农家肥。　　

三、改良低洼冷浸田

在农村中不少地方还有一部分冷浸稻田，如低洼田、烂泥田、锈水田等低产田块。这种稻田地下水位高，土质黏重，耕作性能差，有较深的烂泥层，水温和土温低，不利于水稻生长，更难以获得高产。在这种稻田施用腐熟农家肥后，可以提供较多的腐殖质胶体，从而降低土壤容重，改善土壤结构，提高土温和泥温及蓄水保肥能力，增加水稻根系的活力和吸收养分的能力，有利于水稻早生快发，提早返青分蘖，促进低产田平衡增产，改变长期以来的低产态势，实现平衡增产。

四、改良盐碱稻田

水稻田单一施用化肥时间长了，会加剧土壤盐碱化。而在盐碱稻田上种植水稻，如果施用腐熟的农家肥做基肥，可明显提高盐碱地中有机质的含量，形成团粒结构，使土壤质地变得疏松，从而减少或阻止土壤中毛管水的上升，减少地面蒸发，降低土壤盐分。因此，在盐碱地稻田配合施用农家肥和化肥，增产效果更显著、增产幅度更大。

五、提高水稻对磷的吸收

土壤对农家肥中磷的固定能力较弱，而且农家肥中的磷50%~60%是水溶性或柠檬酸溶性的，可与化肥中的磷互相溶解，加速被水稻吸收。据农技部门测定，用农家肥的土壤浸出液配合磷肥施用，可以加快磷进入水稻根部的速度，在1小时内进入速度比对照组快6倍。这就充分证明，农家肥与化肥配合施用，对水稻吸收磷元素有显著的相得益彰的促进作用。

六、降低生产成本提高抗病能力

实验表明，在该单一施用化肥为农家肥与化肥配合施用时，亩用化肥成本可以降低30~50元，同时施入农家肥的稻田土质疏松，常年地力均匀，水稻长势好，很少发生贪青徒长或僵苗不发，而且形成的稻谷籽粒饱满，千粒重有明显提高。同时，农家肥中还含有大量抗病的放线菌群，它们的代谢产物，可以提高水稻的植株的抗病性，减轻病害的发生。尤其是在常发稻瘟病的地方，施用农家肥的稻田种植的水稻，抗稻瘟病能力可明显提高，发病率极低。